"S-sınıfı türler" olarak bilinen dev, şiddetli canavarların ortaya çıkmasıyla birlikte japon hükûmeti, onları nasıl yeneceğini araştırmak için SSSP'yi kurar. Böyle bir canavar saldırısı altındayken SSSP, canavarlara karşı mücadeleleri sırasında sürpriz bir müttefik kazanır: ULTRAMAN. Gümüş dev ULTRAMAN bu savaşta onlara destek verecektir. Yeni müttefik ULTRAMAN’ın sırrı nedir ve neden insanlığa yardım etmektedir? Ve tüm bunların, SSSP görevlisi Shinji Kaminaga’yla ve ULTRAMAN’ın ilk ortaya çıkması sırasında bir çocuğu kurtardıktan sonra ani kişilik değişimi yaşamasıyla bağlantısı nedir?