Kaptan Pengu ve arkadaşları, Yozo adlı 90 milyon yıllık bir ihtiyozoru da yanlarına alarak Buzya'dan ayrılır ve evlerine dönmeye karar verirler. Yolculuk sırasında Yozo, karadan ve bitkilerden habersiz olduğunu gösterir. Mandalina ve diğerleri ona doğayı ve yiyecekleri anlatırken, Yozo büyük bir heyecanla yeni dünyaya uyum sağlamaya çalışır. Eve vardıklarında Yozo için her şey yenidir ve alışması zaman alacaktır. Ancak bu sırada gizemli bir keşif ekibi olan Alfa Keşif, Yozo’yu fark eder. Ekibin başındaki Profesör Alfa, Yozo’nun bilim dünyasında büyük yankı uyandıracak bir keşif olduğunu düşünerek onu kaçırır. Gece gerçekleşen kaçırılma olayında Mandalina durumu fark edemez ve büyük bir vicdan azabı çeker. Kaptan Pengu ve ekibi, Alfa Keşif’in kim olduğunu öğrenmek için bir araya gelir ve onu bulmak için şehre gitmeye karar verirler. Ancak şehir, daha önce hiç bilmedikleri tehlikelerle doludur. Trafik, insanlar ve modern dünya onları zorlar. Neyse ki Maki’nin yardımıyla, şehre ulaşmak için su kanallarını kullanmaya karar verirler. Bu sırada Yozo, Profesör Alfa’nın laboratuvarında tutsak kalır. Burada, insan eliyle genetik olarak değiştirilmiş hayvanlarla tanışır. Alfa, hayvanların doğal hallerini değiştirerek onları daha dikkat çekici hale getirmeye çalışmaktadır. Ancak Yozo, özgürlüğün ne kadar önemli olduğunu anlar ve kaçmanın yollarını arar. Mandalina ve Kaptan Pengu’nun ekibi, Yozo’yu kurtarmak için büyük bir plan yapar. Zorlu bir operasyon sonunda, laboratuvara sızmayı başarırlar. Ancak Alfa, Mandalina’yı da yakalar ve onu yeni bir deneyin parçası yapar. Son anda Kaptan Pengu ve ekibi Alfa'nın planlarını bozar, hayvanları serbest bırakır ve Profesör Alfa’yı yakalatır. Ancak Yozo ve Mandalina yanlışlıkla dönüşüm cihazına yakalanır ve küçülerek kaçmayı başarırlar. Filmin sonunda, Mandalina ve Yozo, bambaşka bir yerde, büyük bir şehre (muhtemelen İstanbul) ulaşır. Yozo, "Burası neresi?" diye sorarken, Mandalina “Bunu sonraki filmde anlayacağız” diyerek, maceralarının devam edeceğini ima eder. Temalar: Doğa ve çevre bilinci Özgürlüğün önemi Bilim ve etik sınırlar Arkadaşlık ve dayanışma Bu film, eğlenceli bir anlatım ve mizah ile çocuklara önemli dersler verirken, sürükleyici bir macera sunuyor.