Abdullah iyi yetişmiş bir askeri personeldir. Girdiği bir çatışmada yüzünden yaralanır gizli istihbaratın yürüttüğü bir operasyonda kaçırılacak kişinin yüzüne benzetmek için bir dizi operasyon geçirir. Rus kökenli bir bilim adamı olan Dr. Nazarof yorgunluk geni ile ilgili takibe alınmış ve kaçırılarak elindeki bilgileri edinmek üzere bir plan kurulmuştur. Ancak adamın çalıştığı proje yalnız bu değildir aynı zamanda insan vücudunda oluşan bir tepkimeyle kimyasal olarak normalde insanlarda bulunan bir maddenin nitrogliserine dönüşmesi yoluyla görünmez ve saptanamaz bir canlı bomba yapılması konusunu başarmıştır. Sistemdeki bir hain ve yabancı bir ekip bu bombanın formülünün peşindedir. Projenin ismi katılacakların gördüğü özel eğitime atfen Halil Projesidir. Şifahane bu eğitimin verildiği geleneksel tıbbi yöntemlerle sağaltım ve psikoterapi yapılan izole bir yerdir. Bu gruba katılacak olan kişiler öncelikle bu eğitim ve sağaltımdan geçmektedirler. Bu eğitim tamamlandıktan sonra görev zamanı gelene kadar projeyi yürüten Yıldırım beyin doğduğu yer olan Alanya’nın bir yaylasında üvey annesiyle beraber kendini gizler. Ki Suzan anne de istihbaratın bir çalışanıdır. Yıldırım Bey projenin başlama aşamasına gelindiği için yeğeni Aslıyı bir bahaneyle Babasının köyüne gönderip Abdullah’la tanışıp onu İstanbul’a gelmesini yönetmek istemektedir. Abdullah (Halil) köyün ileri gelenlerinden biri olan Yakup Ağa’nın kızının uğruna verdiği bir yemekte küçük bir çocuğa yapılan şiddete karşı koyar ve dikkatleri üzerine çeker. Yakup ağa olanlardan dolayı Abdullah’ı köyden kovdurmak için silahlı kişiler tutar ama bu planı dayaktan kurtardığı küçük çocuğun (Mustulu) duyması ve Abdullah’a iletmesiyle yapılan bir plan sonucu öğrenilen pusu silahların ele geçirilip pusunun Abdullah’ın sahte vuruluşuna dönüştürülmesiyle Halil köyden uzaklaştırılır. Aslı yapılan bu pusudan kuşkulanıp cenazenin peşine düşer. Halil’i morgda yakalar ve bu sırada Halil pusu ile ilgili bir uydurma durum anlatarak onunla İstanbul’a gitmeyi organize eder. Bu arada proje aşama kaydetmiş ve kaçırılacak kişi gelmiştir. Abdullah Halil kod adıyla anılmaktadır. Projeyi yürüten Yıldırım Bey kaçırma işini organize eder bu sırada Ruslar da aynı adamın peşindedirler. Kaldığı otelden adam kaçırıldıktan hemen sonra Ruslar da yanlışlıkla Halil’i kaçırırlar. Halil bir şekilde ellerinden kaçar ve operasyonu sızdıran hainin kim olduğunu araştırmak için kaçırılan adamın konuşturulacağı laboratuvara gider. Çatışır ve adam ölmek üzereyken sırrı adamdan alır. Bu sırada kaçarken köşeye sıkışır.Olay yerine gelen Fahri binbaşıyla bir kaçma planı kurarlar Fahri bilim adamının yaptığı biyolojik canlı bomba formülünün peşindedir Halil’i yeniden depoya geri götürür bu esnada Halil durumu çözer fahri ile Halil depoya döndüklerinde onları Yıldırım ve ekibi beklemektedir. Fahri yaralanır ve Rus ortağıyla beraber konuşturulur bombanın bir örneği Rus ortağa uygulanır ve yüksek tahribat güçlü bir canlı bomba haline gelir. Ekip depodan çıkarken saldırıya uğrar iki kayıp verirler ve son anda bir başka ekip Rusları bertaraf eder bunlarda köyden gelen Yakup ağa ve ekibidir. Herkes depodan çıkmış ve uzaklaşmaktayken patlama duyulur.