Yan Etki, hastalığına çare için aldığı ilacın yan etkisiyle hayatı değişen Cem ile arkadaşlarının hikâyesini anlatıyor. Cem ve arkadaşlarının karanlık bir takım insanlara biyolojik silah geliştirirken, Cem’in hastalığına çare bulurlar. Fakat bu ilacın beklenmedik yan etkileri vardır. İnsana özel güçler vermesi sonucu, bu karanlık insanların dikkatini çeker. Bu karanlık insanlar formülü ele geçirmek ister. Bu ilacın yan etkisi sonucu, Cem paranoyaklaşır ve arkadaşlarının kendisine kazık atacağına inanmaya başlar. İstanbul’dan kaçar. Olaylar bundan sonra başlar.