İnsanoğlu uzaya açılmış ve diğer ırklarla diplomatik ilişkiler içindedir. Böylesi bir ortamda bir söylenti kulaklardan kulağa çalınır. Söylentiye göre ileri ve oldukça güçlü bir makine ırkı vardır. Çok çok uzun zaman önce bu ırk canlı organizmaları yok etmek üzere harekete geçmiş, ama bir şekilde durdurulmuştur. Şimdi yeniden bu ırkın tehlikesi ortalıklarda dolanmaya başlar ve bazı olaylar gerçekleşir. Uygarlığın Reapers olarak bilinen son derece gelişmiş mekanik bir ırk tarafından tehdit edildiği 2183 yılında ve Samanyolu galaksisinde geçmektedir. Oyuncu, Reaper'ın galaktik istilasını gerçekleştirmesini engellemeye çalışan ve seçkin bir insan askeri olan Komutan Shepard'ı canlandırmaktadır. Oyun, oyuncunun genellikle uzay araştırmaları yapmasıyla, ekibiyle veya aracıyla savaşlara katılmasıyla ve oyundaki diğer karakterler ile etkileşim içeren birden fazla görevi tamamlamasıyla ilerlemektedir.